Pada tahun 1956, GKJ Mergangsan melakukan pelayanan pekabaran injil melalui sekolah SMP IV BOPKRI. Saat itu SMP IV BOPKRI yang dipimpin oleh Bapak Soedibyowarsito mengalami perkembangan, sehingga memerlukan bantuan penambahan kelas. Karena pada saat itu dirasa belum memungkinkan untuk dapat mendirikan gedung sekolah, maka SMP IV BOPKRI berkerjasama dengan gereja. Bagian serambi kiri dan kanan gereja dibangun ruang untuk belajar para siswa. Selanjutnya SMP IV BOPKRI Sore Bintaran Kulon di Mergangsan telah dibuka dengan dibantu oleh Bapak Soedardjo sebagai staf Tata Usaha (TU) yang juga merangkap sebagai TU di SMP IV di Bintaran Kulon. Saat itu SMP IV BOPKRI mengalami perkembangan yang luar biasa cepat dan memiliki jumlah siswa yang cukup banyak. Akan tetapi, karena adanya rencana perluasan gedung gereja, maka di tahun 1965 SMP IV BOPKRI harus dipindahkan.
SMP IV BOPKRI kemudian pindah dan mendirikan gedung sekolah di Jalan Suryodiningratan. Semula, gedung sekolah tersebut adalah milik Zending, tetapi selanjutnya gedung diserahkan pada pengurus BOPKRI Yogyakarta. Pada tanggal 19 Agustus 1983, Majelis GKJ Mergangsan mengusulkan untuk membuka pepanthan di wilayah Suryodiningratan. Saat itu gereja mengajukan izin kepada Kepala SMP IV BOPKRI untuk dapat menggunakan satu ruang kelas sebagai ruang untuk kebaktian minggu. Rencana tersebut terlaksana dan kebaktian pertama di Pepanthan Suryodiningratan dilaksanakan pada 10 Juni 1984. Seiring berjalannya waktu, setelah pindah ke Jalan Suryodiningratan, jumlah murid SMP IV BOPKRI mengalami penurunan. Karena jumlah murid semakin sedikit, akhirnya kelas-kelas yang kosong kemudian dipakai oleh Pepanthan Suryodiningratan sebagai tempat untuk ibadah.
Tanah milik SMP IV BOPKRI merupakan bagian dari sultan ground yang memiliki jangka waktu hak guna bangunan selama 20 tahun. Melihat adanya aset tanah yang berharga, sudah ada empat pengusaha yang hendak mengambil allih tanah milik SMP IV BOPKRI. Supaya aset tanah tersebut dapat diselamatkan, Pdt. Bambang Sumbodo mengusulkan untuk membentuk sebuah taman bermain bagi anak-anak. Dengan persiapan yang sangat singkat, GKJ Mergangsan dapat mendirikan Kelompok Bermain Surya Marta pada 26 Desember 2003.
KB Surya Marta berlokasi di Jl. Suryodiningratan no. 43 Yogyakarta. Pada awal diresmikan, KB Surya Marta memiliki siswa dan siswa berjumah 5 orang anak dengan rentang usia 3 – 4 tahun dan diampu oleh 2 orang guru. Seiring berjalannya waktu, murid Surya Marta terus bertambah. Ketika terjadi gempa di tahun 2006, Surya Marta telah memiliki murid sejumlah 18 orang anak. Gempa bumi yang melanda Yogyakarta saat itu mengakibatkan sebagian bangunan sekolah roboh, sehingga kegiatan belajar mengajar sementara dipindahkan ke Kumendanan. Setelah peristiwa gempa tersebut, gedung sekolah Surya Marta direnovasi dan mendapat bantuan berupa Alat Permaianan Edukatif (APE). Di tahun 2007-2008 KB Surya Marta semakin berkembang. Saat itu Surya Marta memiliki 23 orang siswa/i dan 3 orang guru.
Pada awal berdirinya Surya Marta di tahun 2003, hanya memiliki program Kelompok Bermain yang diperuntukan bagi anak usia 2-4 tahun dengan rentang waktu layanan half day. Selanjutnya, karena banyak masyarakat yang membutuhkan layanan Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD), maka di tahun 2010 program layanan PAUD ditambahkan. PAUD Surya Marta diperuntukkan bagi anak usia 2-6 tahun dan masih dengan waktu layanan half day. Dengan dibukanya program layanan PAUD Surya Marta telah memiliki murid sebanyak 35 orang. Di tahun 2010 Surya Marta juga telah memiliki ijin operasional dari Dinas Perijinan Kota Yogyakarta dan juga mendapatkan bantuan dana rintisan PAUD. Melihat perkembangan tersebut Surya Marta kemudian membuka program layanan full day pada tahun 2012 dan masih berjalan hingga saat ini.
Pada awalnya, muculnya gagasan untuk mendirikan KB Surya Marta memang ditujukan sebagai upaya gereja untuk menyelamatkan aset tanah di Jalan Suryodiningratan. Namun, setelah KB Surya Marta berdiri, gereja tentu memiliki pengharapan supaya KB Surya Marta dapat memberikan kontribusi dalam membangun karakter anak yang lebih baik melalui pendidikan. Dalam melaksanakan tugasnya untuk dapat membangun karakter anak, KB Surya Marta menerapkan motto pelayanan, yaitu “Dengan Kasih, Kita Bimbing Anak Mandiri”. Motto tersebut diwujudkan dengan pelayanan yang diberikan oleh para guru kepada para muridnya, dengan tidak membedakan latar belakang atau pun kemampuan siswa. Hal tersebut dibuktikan dengan dibukanya KB Surya Marta untuk umum, termasuk untuk anak beragama non kristiani. Selain itu, kini KB Surya Marta juga bersedia menerima beberapa siswa yang berkebutuhan khusus. Meski KB Surya Marta bukan sebuah sekolah yang sengaja ditujukan sebagai sekolah inklusi , tetapi Surya Marta tetap menerima siswa berkebutuhan khusus. Guru tidak hanya mengajari siswa berkebutuhan khusus supaya bisa mandiri, tetapi guru juga mengajarkan kepada siswa yang lain bahwa mereka semua sama. Dengan demikian, siswa berkebutuhan khusus tersebut tidak merasa sebagai anak yang berbeda dengan teman-teman yang lain.
